Al-Hoesseini is geboren in 1893, in Jeruzalem, als zoon van een rijke moefti. Na korte tijd islamitisch recht te hebben gestudeerd en een pelgrimstocht naar Mekka te hebben ondernomen, meldt Hoesseini zich tijdens de Eerste Wereldoorlog aan om te dienen in het Ottomaanse leger. In 1917 keert hij echter terug naar Jeruzalem en stapt hij over naar de Britse overwinnaars.

Hoesseini ontpopt zich als fanatiek antizionist. In 1920 krijgt hij door de Britten een gevangenisstraf van tien jaar opgelegd voor het starten van rellen tegen biddende joden. Hoesseini vlucht echter het land uit, en hoeft zijn straf niet uit te zitten.

Wanneer een jaar later de moefti van Jeruzalem overlijdt, laat de Britse High Commissioner van Palestina, Herbert Samuel, zelf van joodse afkomst, zich door antizionisten in zijn staf overhalen om de anti-Britse en antizionistische Hoesseini pardon te verlenen en aan te stellen als nieuwe moefti. Hierbij noemt Samuel hem zelfs grootmoefti, een term die eerder niet bestond.

In ruil voor zijn aanstelling als moefti, zorgt Hoesseini ervoor dat de onrust in Jeruzalem de kop ingedrukt wordt. Hij verzekert Samuel dat hij de rust voortaan zal bewaren. Tegelijkertijd wordt Hoesseini president van een nieuw opgerichte Hoge Moslimraad, waardoor hij zowel religieus als politiek leider van de Arabieren wordt.

Voordat Hoesseini moefti wordt, zijn er Arabieren in Palestina die voorstander zijn van een situatie waarin Arabieren en joden samen in vrede het land bewonen. Hoesseini wil daar echter niets van weten. Hij wil koste wat kost dat alle joden uit Palestina vertrekken.

Zodra Hoesseini aan de macht is, begint hij een terreurcampagne tegen iedereen die het niet met hem eens is. Hij doodt zowel joden als Arabieren die zijn beleid niet steunen. Vredesonderhandelingen wijst hij af. Hiermee vertegenwoordigt Hoesseini een voor die tijd nieuw, gewelddadig soort Palestijns nationalisme.

In 1929 beschuldigt Hoesseini lokale joden er valselijk van, moskeeën vervuild en in gevaar gebracht te hebben. Hij roept de Arabieren op: “Izbah Al-Yahud!”, oftewel “Slacht de Joden!” Dit leidt tot de dood van zestig Joodse inwoners van Hebron. Hoesseini wakkert de rellen aan door foto’s van in Hebron gedode Joden te laten zien met de boodschap dat het Arabieren zijn, gedood door Joden.

Als moefti laat Hoesseini onder andere de Al-Aqsamoskee en de Rotskoepel restaureren, waarbij de koepel met goud bedekt wordt. Dit verhoogt het aanzien van Jeruzalem bij moslims overal ter wereld, en daarmee ook de status van Hoesseini.

Zes Arabische leiders vormen in 1936 het Hoger Arabisch Committee, waar Hoesseini hoofd van wordt. Deze organisatie protesteert tegen de Britse steun voor het zionisme in Palestina. In april van dat jaar breken rellen uit in Jaffa, het begin van een drie jaar durende periode van geweld en onrust in Palestina. Het terrorisme, gericht tegen Joden en Britten, wordt geleid door het Hoger Arabisch Committee.

In 1937 laat Hoesseini weten dat hij het eens is met de nazi’s in Duitsland. Hij vraagt het Derde Rijk om tegenstand te bieden aan de stichting van een Joodse staat in Palestina en de Joodse immigratie, en wapens te leveren aan de Arabische bevolking.

In datzelfde jaar ontmoet hij toekomstig nazi-kopstuk Adolf Eichmann. Na deze ontmoeting verleent de SS hem, volgens documenten die bij Eichmann’s proces en de Neurenbergse processen naar boven komen, inderdaad financiële steun voor de rellen in 1936-1939.

Als er een poging wordt gedaan om de Britse inspecteur-generaal van de Palestijnse politiemacht te doden en Joden en gematigde Arabieren door extremisten worden gedood, verklaren de Britten het Hoger Arabisch Committee illegaal. Hoesseini verliest daardoor zijn functie als president van de Hoge Moslimraad en wordt verbannen naar Syrië, van waaruit hij zijn werk voortzet.

Vanuit Bagdad steunt Hoesseini de pro-nazi opstand van 1941. In november van dat jaar ontmoet hij Hitler. De rest van de oorlog verblijft hij in Duitsland, waar hij moslims in radioboodschappen oproept om joden uit te roeien en mee te vechten in het Duitse leger. In Berlijn is Hoesseini één van de adviseurs van Hitler en Eichmann. Hij roept op tot de systematische vernietiging van joden in concentratiekampen. Volgens een getuige bij de Neurenbergprocessen brengt Hoesseini zelfs een bezoek aan de gaskamers in Auschwitz.

Als Duitsland in 1945 de oorlog verliest gaat Hoesseini naar Egypte. Daar wordt hij als held ontvangen. Hij wordt wel beschuldigd van oorlogsmisdaden, maar er komt nooit een proces. De geallieerden zouden bang zijn voor de reactie van de Arabische wereld.

Hoesseini steunt vanuit Egypte de oorlog tegen de nieuwe staat Israël in 1948, en wanneer de Jordaanse koning Abdullah de functie van grootmoefti van Jeruzalem aan iemand anders geeft, laat hij hem vanuit Egypte vermoorden. De twee volgende koningen verlenen Hoesseini echter geen toestemming om Jeruzalem binnen te komen, omdat ze inzien dat de voormalige leider de vrede in de regio in gevaar zal brengen.

Met het verlies van de Arabische legers tegen Israël in 1948, neemt ook de macht van Hoesseini af. Hij overlijdt uiteindelijk in Egypte in 1974, zonder dat hij – na 1937 - ooit nog in Jeruzalem is teruggeweest.
Zijn neef Yasser Arafat herdenkt Hoesseini in 2002 als nationale held en symbool van Palestijns verzet.